O Programa de Doutorado em Ambiente e Sociedade conta com uma infraestrutura física e operacional à disposição de seus professores, pesquisadores e alunos, composta por:
- Auditório e uma sala de reuniões onde são ministradas aulas e feitas reuniões dos grupos de pesquisas.
- A biblioteca do NEPAM possui um acervo especializado voltado para as temáticas desenvolvidas.
- Laboratórios que dão suporte às pesquisas, dentre eles: um laboratório de informática para uso dos discentes; Laboratório de Ecologia e Manejo de Ecossistemas (LEME); Laboratório de Arqueologia Pública “Paulo Duarte” (LAP); Laboratório Multidisciplinar em Comunicação Terramãe; Laboratório “Social Dimensions of the Global Environmental Changes in the Global South” (LABGEC).
- Salas para os professores e pesquisadores lotado do Núcleo são, em sua maioria, individuais, sendo disponibilizada uma sala para os pesquisadores de pós-doutorado do Núcleo.
No que tange à infraestrutura administrativa, há um ambiente com divisões em quatro segmentos da área administrativa, uma salas de reuniões, sala de Coordenação e sala de informática.
O NEPAM tem adequado suas instalações e infraestrutura em face ao crescimento expressivo das atividades desenvolvidas no Núcleo.