Os programas de Pós-Graduação do IFCH recebem, anualmente, cotas de bolsas de estudos para alunos de Mestrado e Doutorado financiadas pela CAPES e pelo CNPq, que serão atribuídas por ordem de classificação no processo de seleção de ingresso nos respectivos cursos, segundo critérios estabelecidos pela Comissão de Pós-Graduação.
O prazo máximo de vigência das bolsas da CAPES e do CNPq é de 24 (vinte e quatro) meses para o Mestrado e de 48 (quarenta e oito) meses para o Doutorado. Além disso, há a possibilidade, com o apoio do orientador, de solicitação individual de bolsas de Mestrado e Doutorado junto à FAPESP.